7月1日起，分支机构不再享受小型微利企业所得税优惠了，一律按照25%缴纳企业所得税！小微企业勾选已经成为灰色不可自行判断选择。
原 因
2019年2月26日税务总局在线访谈《实施普惠性企业所得税减免 助力小型微利企业发展》：
网友：
对于企业所得税汇总纳税企业，小型微利企业标准中的从业人数、资产总额是否包括分支机构的部分？
国家税务总局所得税司副司长刘宝柱：
现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为纳税主体，计算从业人数、资产总额等指标，即汇总纳税企业的从业人数、资产总额应包括分支机构的数据。
包含分支机构的汇总纳税企业从业人数、资产总额和应纳税所得额如超过小型微利企业标准，自然不能享受小型微利企业所得税优惠。由总机构汇总纳税和与各分支机构盈亏相抵赋予总机构税收监管责任。
总 结
因此可以看出，分支机构不论是否当时选择为是否非汇总或者独立核算，按照总局答疑，都不能以自己独自分支机构的从业人数、资产总额和应纳税所得额作为判断小微企业享受所得税的优惠，因为本身就不是法人纳税人，因此从7月份申报期开始，即所有分支机构都不能享受小微企业优惠税率，需要按照25%的基本税率进行纳税申报！
参 考
国家税务总局公告2012年第57号《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》：
第一章 总 则
第二条 居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。
第六条 汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照财预[2012]40号文件第五条等相关规定执行。
第二章 税款预缴和汇算清缴
第六条 汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照财预[2012]40号文件第五条等相关规定执行。
第八条 总机构应将本期企业应纳所得税额的50%部分，在每月或季度终了后15日内就地申报预缴。总机构应将本期企业应纳所得税额的另外50%部分，按照各分支机构应分摊的比例，在各分支机构之间进行分摊，并及时通知到各分支机构；各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额就地申报预缴。
第三章 总分机构分摊税款的计算
第十三条 总机构按以下公式计算分摊税款：总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
第十四条 分支机构按以下公式计算分摊税款：
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
第十五条 总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。
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